房総の海賊を平定し、漁業の地を開いた藤原資盈(ふじわらのすけみつ)を祀った神社。三浦半島を本拠地としていた三浦一族の氏神、祈願所である。境内には源頼朝が手植えをしたといわれる公孫樹(いちょう)がある。
チャッキラコとは、毎年1月15日の小正月に三浦市三崎の仲崎・花暮地区や海南神社で、豊漁・豊作や商売繁盛などを祈願する女性のみで踊られる民俗芸能の一つ。その起源は江戸時代まで遡り、少なくとも約250年前から伝承されてきたとされています。
年配の女性10人程が唄い、5歳程～12歳までの少女20人程が踊ります。少女は赤色の晴れ着、年配の女性は、黒色の着物に羽織姿で、舞扇とチャッキラコ（竹細工の飾り、綾竹）を演目に応じて使い分け、楽器類は使わず、素唄と囃し言葉だけの素朴な唄と踊りです。当日、午前10時頃本宮の祠前、午前10時30分頃海南神社境内の社殿前で踊りを奉納します。午後からは仲崎竜神様と花暮竜宮様の祠前で踊りを奉納し、旧家や老舗商店等を祝福して回ります。